Država kandidatkinja ne pregovara o pravnoj stečevini Europske unije, nego o uvjetima i rokovima njezina prenošenja u nacionalno zakonodavstvo te načinu njezine primjene. Upravo se iz tih razloga često pregovori o pristupanju i ne smatraju klasičnim pregovorima, već procesom prilagodbe države kandidatkinje vrijednosnomu, političkomu, pravnomu, gospodarskomu i društvenomu sustavu Europske unije.

Do ulaska u članstvo u Europskoj uniji svaka država kandidatkinja dužna je preuzeti cijelu pravnu stečevinu Europske unije i biti sposobna za njezinu učinkovitu primjenu. Ako država kandidatkinja do trenutka pristupanja zbog opravdanih razloga ne može u potpunosti prihvatiti i primijeniti pravnu stečevinu u pojedinom poglavlju pregovora, država kandidatkinja u pregovorima o tom poglavlju može zatražiti tzv. prijelazna razdoblja. To su dodatna vremenska razdoblja za potpuno usklađivanje nacionalnoga zakonodavstva s pravnom stečevinom Europske unije na određenom području i nakon pristupanja u članstvo u Europskoj uniji. Zatražena prijelazna razdoblja moraju biti vremenski i sadržajno ograničena i ne smiju narušavati slobodu tržišnoga natjecanja ili utjecati na djelovanje unutarnjega tržišta Zajednice. U iznimno rijetkim slučajevima državama kandidatkinjama bila su odobrena i izuzeća (derogacije) kao trajna odstupanja od primjene pravne stečevine na određenom području. Prijelazna razdoblja za primjenu pravne stečevine mogu biti dogovorena i u interesu Europske unije.

Nakon političke odluke Europskoga vijeća o otvaranju pregovora i sazivanju bilateralne Međuvladine konferencije o pristupanju pregovori su formalno započeli 3. listopada 2005. godine održavanjem prve sjednice Međuvladine konferencije između država članica EU-a i Republike Hrvatske na kojoj su razmijenjena Opća stajališta Europske unije i Republike Hrvatske.

Slijedom formalnog otvaranja pregovora uslijedila je faza analitičkoga pregleda i ocjene usklađenosti nacionalnoga zakonodavstva Hrvatske s pravnom stečevinom Europske unije, poznatija kao screening. Osnovna je svrha screeninga utvrditi postojeće razlike u svakom poglavlju pregovora između zakonodavstva države kandidatkinje i pravne stečevine Europske unije s kojom je do trenutka pristupanja u članstvo potrebno uskladiti nacionalno zakonodavstvo. Na temelju analize od Hrvatske se očekivalo da pokaže hoće li moći u cijelosti prihvatiti pravnu stečevinu Europske unije u pojedinom poglavlju pregovora i uskladiti uočene razlike u zakonodavstvu ili ima namjeru zatražiti odgovarajuća prijelazna razdoblja za potpuno usklađivanje i punu provedbu. Cjelokupan postupak screeninga trajao je oko godinu dana.

Nakon završetka analitičkoga pregleda, države članice donosile su odluke o otvaranju pregovora u pojedinom poglavlju, ovisno o ocjeni spremnosti Hrvatske. Otvaranjem pregovora o svakom pojedinom poglavlju započinjala je sadržajna faza pregovora u tom poglavlju, tijekom koje se pregovaralo o uvjetima pod kojima će Hrvatska prihvatiti, primijeniti i provesti pravnu stečevinu Europske unije, uključujući pregovore i dogovore o prijelaznim razdobljima i eventualnim izuzećima koja je Hrvatska zatražila.

Pregovori su se vodili na temelju pregovaračkih stajališta Hrvatske i Europske unije koja su se izrađivala za svako pojedino poglavlje pregovora slijedom rezultata analitičkog pregleda (screeninga). Pregovaračka stajališta prva je predstavljala Hrvatska i u svakom je naznačila na koji način namjerava preuzeti i provoditi pravnu stečevinu Europske unije u pojedinom poglavlju. U postupku izrade pregovaračkih stajališta Hrvatske sudjelovali su:

• Radne skupine za pripremu pregovora u pojedinim poglavljima
• Pregovaračka skupina za vođenje pregovora o pristupanju Republike Hrvatske Europskoj uniji
• Koordinacija za pregovore o pristupanju Republike Hrvatske Europskoj uniji
• Nacionalni odbor za praćenje pregovora o pristupanju Republike Hrvatske Europskoj uniji
• Vlada Republike Hrvatske.

Pregovaračka stajališta usvajala je Vlada Republike Hrvatske te su se ona putem Tajništva Međuvladine konferencije dostavljala Europskoj uniji.

Tijekom cjelokupnoga trajanja pregovora, o odvijanju pregovora redovito se izvješćivao Nacionalni odbor Hrvatskoga sabora za praćenje pregovora i Europski parlament.

Nakon ispunjavanja mjerila i drugih obveza za zatvaranje pojedinog poglavlja pregovora, što je Hrvatska dokumentirala kroz sveobuhvatna Izvješća o ispunjavanju obveza iz pojedinih poglavlja pregovora koja je upućivala Europskoj komisiji, te nakon postizanja dogovora između Europske unije i Hrvatske o svim pregovaračkim zahtjevima obiju strana u nekom poglavlju, poglavlja su se privremeno zatvarala na sastancima Međuvladine konferencije na kojima su se o tome donosile formalne odluke.