Ministarstvo zdravlja obavlja upravne i druge poslove koji se odnose na: sustav zdravstvene zaštite i zdravstvenog osiguranja; praćenje i unapređivanje zdravstvenog stanja i zdravstvenih potreba stanovništva, zaštitu stanovništva od zaraznih i nezaraznih bolesti, ionizirajućih i neionizirajućih zračenja; zaštitu od buke; zdravstvenu ispravnost i higijenu hrane u skladu s posebnim propisom o hrani i predmeta opće uporabe; proizvodnju, promet i potrošnju opojnih droga; korištenje zdravstvenih potencijala; izgradnju i investiranje u zdravstvu; osnivanje zdravstvenih ustanova i privatne prakse; organiziranje stručnih ispita zdravstvenih djelatnika te njihovo specijalističko usavršavanje; priznavanje naziva primarijusa; dodjelu naziva zdravstvenim ustanovama; referentni centar, klinika, klinička bolnica i klinički bolnički centar; upravni nadzor nad radom Hrvatskog zavoda za zdravstveno osiguranje, Hrvatskoga crvenog križa i komora; zdravstveno-inspekcijski nadzor nad radom zdravstvenih ustanova i zdravstvenih djelatnika te privatnom praksom: registraciju lijekova, farmaceutsko-inspekcijski nadzor nad proizvodnjom i prometom lijekova i medicinskih proizvoda; službene kontrole zdravstvene ispravnosti, higijene i kakvoće hrane u skladu s posebnim propisom o hrani; sanitarni nadzor nad proizvodnjom, prometom, uporabom i zbrinjavanjem opasnih kemikalija, i drugih tvari štetnih po zdravlje ljudi; sanitarni nadzor nad izvorima ionizirajućih i neionizirajućih zračenja; sanitarni nadzor nad osobama i djelatnostima, građevinama, prostorijama, postrojenjima i uređajima koji mogu na bilo koji način štetno utjecati na zdravlje ljudi te sanitarni nadzor u međunarodnom prometu na državnoj granici.Sudjeluje u pripremi programa i projekata te provedbi projekata iz programa Europske unije i ostalih oblika međunarodne pomoći.

Ministarstvo obavlja poslove koji se odnose na sudjelovanje Republike Hrvatske u radu tijela Europske unije u područjima iz njegove nadležnosti .
Ministarstvo obavlja i druge poslove koji su mu stavljeni u nadležnost posebnim zakonom.