Ministarstvo zdravlja radi na poboljšanju, promicanju i zaštiti zdravlja hrvatskih građana, obavlja upravne i druge poslove koji se odnose na:

• zaštitu stanovništva od zaraznih i nezaraznih bolesti, ionizirajućih i neionizirajućih zračenja, zdravstvenu ispravnost namirnica i predmeta opće uporabe,
• korištenje zdravstvenih potencijala,
• izgradnju i investiranje u zdravstvu,
• osnivanje zdravstvenih ustanova i privatne prakse,
• organiziranje državnih i drugih stručnih ispita zdravstvenih djelatnika te njihovo specijalis­tičko usavršavanje, priznavanje naziva primarijusa,
• dodjelu naziva zdravstvenim ustanovama - referentni centar, klinika, klinička bolnica i klinički bolnički centar,
• upravni nadzor nad radom Hrvatskog zavoda za zdravstveno osiguranje, Hrvatskoga crvenog križa i komora,
• zdravstveno-inspekcijski nadzor nad radom zdravstvenih ustanova i zdravstvenih djelatnika te privatnom praksom,
• registraciju lijekova, farmaceutsko-inspekcijski nadzor nad proizvodnjom i prometom lijekova i medicinskih proizvoda,
• sanitarni nadzor nad proizvodnjom, prometom, uporabom i zbrinjavanjem otrova,
• pro­izvodnju, promet i potrošnju opojnih droga,
• sanitarni nadzor nad osobama i djelatnostima, građevinama, prostorijama, prostorima, postrojenjima i uređajima koji mogu na bilo koji način štetno utjecati na zdravlje ljudi te sanitarni nadzor u međunarodnom prometu na državnoj granici.