Ministarstvo obrane RH ustrojeno temeljem Uredbe o unutranjem ustrojstvu Minstarstva Obrane (NN 26/2012).

Ovom Uredbom utvrđuje se unutarnje ustrojstvo Ministarstva obrane, nazivi upravnih organizacija u sastavu Ministarstva, njihov djelokrug, način upravljanja tim jedinicama, načinin planiranja poslova, radno vrijeme, okvirni broj državnih službenika, namještenika i djelatnih vojnih osoba, kao i druga pitanja od osobitog značaja za rad Ministarstva.

Unutarnje ustrojstvo, upravljanje, kao i potreban broj državnih službenika, namještenika i djelatnih vojnih osoba uređuje se na način da Ministarstvo može obavljati upravne i druge stručne poslove koji su mu zakonom dani u nadležnost i djelokrug.