Ministarstvo zaštite okoliša i prirode obavlja upravne i druge poslove koji se odnose na: opću politiku zaštite okoliša u ostvarivanju uvjeta za održivi razvitak; zaštitu zraka, tla, voda, mora, biljnog i životinjskog svijeta u ukupnosti uzajamnog djelovanja, osiguravanje praćenja stanja onečišćenja zraka, tla, voda i morskog okoliša te osiguravanje provedbe mjera radi sprječavanja onečišćavanja zraka, tla, voda i morskog okoliša te provedbu mjera zaštite; izradu prijedloga mjera za unapređenje stanja u području zaštite okoliša, provedbu ciljeva zaštite okoliša utvrđenih strategijom zaštite okoliša i izradu izvješća o stanju okoliša u državi, predlaganje, promicanje i praćenje mjera za unapređivanje zaštite okoliša; provedbu procjene utjecaja na okoliš; osiguravanje provedbe katastra onečišćavanja; sustavno praćenje stanja okoliša (monitoring); vođenje informacijskog sustava zaštite okoliša, utvrđivanje mjera, uvjeta i suglasnosti zaštite okoliša; skrb, usklađivanje i vođenje nadzora nad financiranjem programa zaštite okoliša; postupanje s otpadom; pripremu prijedloga standarda zaštite okoliša; ocjenjivanje uvjeta za rad pravnih i fizičkih osoba iz područja zaštite okoliša; ostvarivanje međunarodne suradnje u zaštiti okoliša; utvrđivanje politike djelovanja i obavljanje upravnoga nadzora i nadzora nad stručnim radom Fonda za zaštitu okoliša i energetsku učinkovitost; inspekcijske poslove zaštite okoliša; poticanje odgoja i obrazovanja te istraživanja u svezi sa zaštitom okoliša.

Ministarstvo obavlja upravne i druge poslove koji se odnose na: istraživanje, proučavanje, praćenje, evidentiranje, dokumentiranje i promicanje prirodne baštine, središnju informacijsko-dokumentacijsku službu; utvrđivanje svojstva zaštićenih dijelova prirode te njihovo vrednovanje; vođenje središnjih upisnika zaštićenih dijelova prirode; propisivanje mjerila za utvrđivanje programa javnih potreba u području zaštite prirode Republike Hrvatske; skrb, usklađivanje i vođenje nadzora nad financiranjem programa zaštite prirode; osnivanje i nadzor nad ustanovama za obavljanje poslova djelatnosti zaštite prirode; ocjenjivanje uvjeta za rad pravnih i fizičkih osoba na poslovima zaštite prirode; osiguravanje uvjeta za obrazovanje i usavršavanje stručnih djelatnika u djelatnostima zaštite prirode, provedbu nadzora prometa, uvoza, izvoza zaštićenih dijelova prirode; utvrđivanje uvjeta za korištenje i namjenu zaštićenih dijelova prirode, te upravljanje zaštićenim dijelovima prirode; utvrđivanje uvjeta zaštite prirode; inspekcijske poslove zaštite prirode.

Ministarstvo obavlja poslove koji se odnose na sudjelovanje Republike Hrvatske u radu tijela Europske unije u područjima iz njegove nadležnosti.
Ministarstvo obavlja i druge poslove koji su mu stavljeni u nadležnost posebnim zakonom.