Ministarstvo poljoprivrede obavlja upravne i druge poslove u području poljoprivrede, ribarstva, šumarstva, ruralnog razvoja, gospodarenja i raspolaganja poljoprivrednim zemljištem u vlasništvu države, poljoprivredne politike, tržišnih i strukturnih potpora u poljoprivredi, prehrambene i duhanske industrije i veterinarstva, i to: biljne proizvodnje i agroekologije, zaštitu biljnih sorti i priznavanje sorti poljoprivrednog bilja, promet i primjenu gnojiva i poboljšivača tla, biljnog zdravstva, prometa i primjene sredstava za zaštitu bilja, uzgoj uzgojno valjanih životinja, propisuje uvjete za proizvodnju i promet grožđa, vina i drugih proizvoda od grožđa i vina.

Ministarstvo propisuje mjere upravljanja i gospodarenja biološkim bogatstvima mora i slatkih voda; određivanje i kontrolu ribolovnog napora; određivanje granica između unutarnjeg i vanjskoga ribolovnog mora, granica ribolovnih zona, propisuje namjene, vrste i količine ribolovnih alata i opreme u ribolovu, propisuje uvjete za uzgoj ribe i drugih vodenih organizama, uvjete za obavljanje ribolova i uvjeta za priznavanje organizacija proizvođača u ribarstvu.

Ministarstvo obavlja upravne i druge poslove koji se odnose na šumarstvo, zaštitu šuma, uređivanje pravnih odnosa na šumama i šumskom zemljištu u vlasništvu države, osim imovinsko pravnih poslova; drvnu industriju i lovstvo; inspekcijske poslove koji se odnose na šumarstvo i lovstvo; provodi međunarodne sporazume u dijelu koji se odnose na šumarstvo; uređenje odnosa i uvjeta proizvodnje, prometa i uporabe šumskog sjemena i šumskih sadnica, šumarske ekologije, zaštite šuma od elementarnih nepogoda i antropogenih utjecaja, požara, očuvanje šumskih genetskih izvora i šumskog reprodukcijskog materijala.

Ministarstvo obavlja i upravne i druge poslove koji se odnose na: upravljanje vodama i vodno-gospodarskim sustavom; praćenje i prilagođavanje vodno-gospodarskog razvitka s potrebama gospodarskog razvitka; uređenje vodotoka i drugih voda i zaštitu od štetnog djelovanja voda i leda; zaštitu od erozije i bujica: hidromelioracijsku odvodnju i navodnjavanje zemljišta; upravljanje vodnim dobrom i njegovo korištenje; provedbu zaštite voda i zaštite mora od zagađivanja s kopna; osiguravanje zalihe voda u svrhu vodoopskrbe naselja s pitkom vodom i gospodarstva s industrijskom vodom; korištenje vodnih snaga: planiranje i usklađivanje razvoja i izgradnje javnih vodoopskrbnih sustava i javnih kanalizacijskih sustava od državnog interesa; inspekcijske poslove na zaštiti od voda, korištenju voda i zaštiti voda od zagađivanja.

Ministarstvo provodi i koordinira mjere ruralnog razvoja, razvitka seoskog prostora, ekološke i održive poljoprivrede, poljoprivrednog zadrugarstva i drugih oblika udruživanja u poljoprivredi i ribarstvu, promicanje autohtonih proizvoda, marketinške pripreme poljoprivredno-prehrambenih proizvoda, očuvanja izvornih i zaštićenih pasmina domaćih životinja.
Ministarstvo uređuje pravne odnose na poljoprivrednom zemljištu, osim imovinskopravnih poslova, pokreće i vodi postupak komasacije, osim imovinskopravnih poslova, prenamjene poljoprivrednog zemljišta u građevinsko, zaštitu poljoprivrednog zemljišta, vođenje evidencije o poljoprivrednom zemljištu.

Ministarstvo provodi mjere poticajne politike u poljoprivredi i ribarstvu, te njihovu prilagodbu mjerilima Svjetske trgovinske organizacije, uređuje i koordinira sufinanciranje poljoprivrede, ribarstva i prerade poljoprivrednih proizvoda proračunskim sredstvima.

Ministarstvo obavlja upravne i druge poslove koji se odnose na zdravstvenu ispravnost, higijenu i kakvoću hrane, hrane za životinje i organizaciju službenih kontrola.
Ministarstvo provodi mjere radi otkrivanja i sprječavanja pojava zaraznih bolesti životinja, zaštitu životinja i veterinarske lijekove, propisuje uvjete i kontrolu životinja i proizvoda životinjskog podrijetla u proizvodnji i prometu.

Ministarstvo obavlja poslove fitosanitarne i granične veterinarske inspekcije, inspekcijske poslove u poljoprivredi, ribarstvu, veterinarstvu te, u skladu s posebnim propisom, o hrani inspekcijske poslove koji se odnose na zdravstvenu ispravnosti i higijenu hrane i hrane za životinje te kakvoću primarnih poljoprivrednih proizvoda, hrane i hrane za životinje.
Ministarstvo koordinira i usklađuje hrvatsku poljoprivrednu politiku i politiku ruralnog razvoja s odgovarajućim politikama Europske unije u dijelu koji se odnosi na poljoprivredu, prehranu, ruralni razvoj i ribarstvo, provodi projekte iz fondova i programa EU i ostalih oblika međunarodne pomoći.

Ministarstvo obavlja poslove koji se odnose na sudjelovanje Republike Hrvatske u radu tijela Europske unije u područjima iz njegove nadležnosti .
Ministarstvo obavlja i druge poslove koji su mu stavljeni u nadležnost posebnim propisima.