Ministarstvo branitelja obavlja upravne i druge poslove koji se odnose na pravni položaj, rješavanje pravnog položaja, statusa i drugih pitanja hrvatskih branitelja iz Domovinskog rata, hrvatskih ratnih vojnih invalida iz Domovinskog rata i mirnodopskih vojnih invalida, razvojačenih branitelja i članova njihovih obitelji, te obitelji poginuloga, umrloga, zatočenog ili nestaloga hrvatskog branitelja, osim onih poslova koji ulaze u djelokrug drugih ministarstava.

Ministarstvo obavlja stručne i druge poslove koji se odnose na traženje zatočenih i nestalih, organizaciju ekshumacija masovnih i pojedinačnih grobnica na teritoriju Republike Hrvatske, prikuplja i obrađuje podatke o ekshumiranim žrtvama u cilju identifikacije, te organizira identifikaciju posmrtnih ostataka žrtava.
Ministarstvo obavlja i druge poslove koji su mu stavljeni u nadležnost posebnim zakonom.